2010年あけましておめでとうございます。

2009年の頭に、今年は50投稿くらいしたいなぁと目標を立てていましたが、みごとにぶっちぎってしまいました。結局10投稿ですか。まあそんなもんです。というか、ブログを書かなくても全く問題のない状況が2009年に完成してしまったんですね。ご存知Twitterです。iPhoneとTwitterの組み合わせは最強過ぎてやばいですね。このブログとはTwitterアカウントをリンクさせる予定がないのですが、どうしようかなぁ。

BlogPress liteが良い感じ

iPhoneアプリのBlogPress liteはBlogger用のブログ投稿アプリとしてすばらしい。おかげで、かなり放置してっしまっていたこのブログも更新しやすい感じになりましたw


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てすてす。

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実験と研究

結構前のネタなのだけれど、森博嗣さんのBlogより

MORI LOG ACADEMY: 研究とは:

研究も実験も、実は最初にしなければならないことがある。そして、それが最もエネルギィと時間を使う作業なのだ。それは、「何の研究をするか」を決めるこ と。これさえ思いつけば、研究の半分は終わったようなものだと思えるほど難しい。課題のように、問題が与えられる立場であれば、この大半の苦労をパスでき るわけだ。それはもの凄く楽なことだけれど、「研究」をすべて経験しているわけではない。

実験科学者にとっては重要な要素というのはいくつかあろうかと思います。

「仮説」設定のうまさ。
「作業」の手際の良さ。

「何の研究をするか」を決めること。これが苦手だと、研究者として生きるのはしんどいだろうなぁと思います。 難しいこのステップが楽しくて仕方がないと思える人は研究者に向いているのでしょうか？

iPhone for everybodyキャンペーンへ申し込んできた。

さて、4/1から既存ユーザーもパケット定額の上限が値下げされるiPhone for everybodyキャンペーンへの申し込みが可能になっていたのだけれど、いろいろと時間が合わなくてようやく申し込みをしてきた。

場所は近所の某ソフトバンクショップ。他に客もいなかったので、身分証の提示だけで5分くらいであっさり終わった。

多少は勉強しましたと言った上で、ネット上の情報でもいろいろと錯綜している違約金辺りの話を店員さんに聞いたところ、新たに5月から2年縛りが始まって2年後の5月に更新月がやってくる。でまたそこから2年の契約になるとのお話。この更新月以外に解約をしたりすると違約金が発生すると。でも、機種変更を２年縛りの契約で行う場合は違約金は免除される、と。

あいかわらず複雑怪奇なシステムではあるが、要は、ソフトバンクの携帯に2年縛りで機種変更する場合はiPhoneであろうとそれ以外の携帯電話であろうと違約金はかからない、ということみたいだ。ただ端末代金は免除とかないので、2年縛りにしたら、2年間分しっかり払わないといけない。

仮にDocomoから新しいiPhoneが出ても、J-phone時代からずっと世話になっていてDocomoに乗り換える予定なしなので、違約金は特に問題にならず。上限が5985円が4410円になるのは単純にありがたい。

ただひとつ問題があるケースがあるとするならば、新しいiPhoneがSoftbankから発売されなかった場合。この場合は、今のiPhoneをずっと使い続けるか、ほかのキャリアに鞍替えしないと行けない。進化なのか退化なのか、もはやiPhone以外の携帯電話が使えない体になっている。そんなことはないと信じたい。

余談。自分の請求が10日締めであることを初めて知る。というわけで、来月分からの適用。何とか時間つくって先週のうちに行っておくんだった。

20日締めという人たちもいるようなので、その人たちは、もしキャンペーンに加入するのなら19日までに結論を出したいところ。

6月のWWDCで次世代iPhoneが出るなんていう噂があるようだが、今のところは、今の端末を3.0にアップデートしてもう1年使う予定。ただし予定は未定(笑)。6月、いい意味で悩ませてくれるような状況になっていればいいと思う。

小っさ!!第3世代iPod Shuffle発表

このニュースを最初に目にしたときは、なんでこのタイミング？って思ったのですが。実際写真を見てみて、びっくり。

これは小さい。今使ってるI-O DATAの1GBのUSBメモリより小さいんですが。イヤホンプラグと同じ幅って。ネクタイピン代わりに使っても違和感ないんじゃないかというくらいですね。

曲送りやボリューム等を制御するコントローラーはイアフォンに付きました。iPhoneの付属イアフォンと同じ感じでしょうか。さらに、複数のプレイリストを入れることができるようになったそうです。どうやって、プレイリストを呼び出すかというと、「この小ささ、がしゃべりだす。」というキャッチフレーズが物語っている通り、VoiceOverという新機能で音声でどのプレイリストを選択したのか、今聴いている曲は何か、ということを教えてくれるそうです。ディスプレイのないiPod Shuffleの欠点を補うナイスアイデアといえるのではないでしょうか。

4GBで8800円。ちょっとしたプレゼントには最適ですね。

Apple Storeをのぞいてみてください。

最後にネタですが。この動画を初めて見たときは単にパロディとしておもしれぇ、と思っていただけでしたが、最終的にはここまで、いやこれ以上のものをAppleは作るのではないかと思わずに入られません。

さよならShockwave 「或る旅人の日記」

Shockwaveが1月31日をもってサービスを終了する。サービスを開始したのは2000年の7月らしい。今でこそweb上で動画を見ることは当たり前のようになっているが、2000年くらいはようやくADSLが出始めた頃で、Shockwave形式の動画とFlashが流行りだした頃だったと思う。

初めてweb上でアニメーションを見る経験をしたのが、このShockwaveのコンテンツとしてあった「或る旅人の日記」という作品だった。

アクセスするとその日の日付と時間が表示され、優しい音楽が流れる。旅人が不思議な世界を旅するという1話完結型アニメーションなのだが、何せ世界観がどストライクだったので、よく観ていた。Flashを使ったベクター描画バリバリのアニメーションは他にもたくさんあるにはあったが、当時の感覚では、まさかweb上でこんなに暖かいタッチ絵本のようなアニメーションが見られるとは思っていなかった。

この作品を作ったのは加藤久仁生さんという人で、去年国際アニメーション映画祭で賞を取っている。ROBOTという映像の企画制作を行っている会社に所属するクリエイターである。（今でこそいろんな映画のクレジットに出てくるけれど、ROBOTのあのロゴを初めて見たのも「或る旅人の日記」だったかもしれない。）

正直、ここ数年、Shockwaveのサイトを見ることはなくなっていた。これも時代の流れなのだろうか。久しぶりに「或る旅人の日記」を観て「Zookeeper」で遊んでみた。

当時のまんまだった。少なくとも明日までは。

或る旅人の日記 [DVD]
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羊毛と醤油会社の意外な関係

バイオロジカル・ウール・ハーベスティング（BWH）という羊毛収穫法らしいのだが、この動画を観てぶったまげた。



しかもこのテクノロジーを開発したのが日本の醤油メーカーだということでさらにびっくり。創業が1616年(!)の超老舗、ヒゲタ醤油株式会社のウェブサイトにはこういう感じで紹介されている。

この方法は上皮細胞成長因子（Epidermal Growth Factor, EGF）の毛胞退縮作用を利用しており、羊にEGFを注射して羊毛の成長を一時的に止めることで、羊毛を無駄なく容易に採ることが可能となります。また従来のバリカンでの採毛法に比べ熟練技術がいらず、労力も軽減され、さらに羊毛の質も向上するという様々な利点があります。

なるほど。醤油会社といえば、麹菌。で、ブレビス菌（学名：Brevibacillus choshinensis ）の研究をしていてタンパク質の大量精製技術を確立して、EGFを大量に生産する方法を確立したわけだ。確かにGrowth Factorって高いよなー。で、それが、オーストラリアでの羊毛の刈取りに用いられる、と。

酒造会社や醤油会社といった、発酵食品を生産する企業には、バイオテクノロジーの萌芽がたくさん眠っているんだろうなぁ。

PhunをパワーアップさせたAlgodooという2D物理演算ソフト

ニコニコ動画の科学カテゴリでPhunをベースにしたAlgodooという物理演算ソフトが紹介されていた。

基本的にはPhunと変わりがなさそうだったが、下の動画の3分50秒からの光のシミュレーションが新しい。白色レーザー光をプリズムを使って分光してみたり、レンズを使って収束させてみたりということができるらしい。以前紹介した2D物理シミュレータPhunには、この機能はなかった。

他にも、1分50秒あたりにあるように、カメラで撮った写真を簡単に取り込めたり、PCに内蔵する加速度センサーと連携したりということができるようだ。

このAlgodooを開発したのは、Algoryxというスウェーデンの企業で(Phunもmade in スウェーデン)、この会社のウェブサイトを見る限り、今のところPhunみたいに配布したり販売したらいしている様子はなく、発表したてのホヤホヤな様子なので、今後に期待。



動画内に出てきているIntelのclassmate PCに同梱されるという話もアリ。

関連記事
・Phun - Mac版がいつの間にか出てた
・Phun - Web時代のブロック遊び

Macworld 2009

Macworld Expo 2009が開催されていますね。今回の基調講演はジョブズも出てこないし、フォローする予定もなかったにもかかわらず、2時になると目が覚めてしまったので今回はEngadgetでフォローしてました。特にサプライズは無かったですね。iWorkとiLifeの2009年版へのアップデートと前回置き去りになっていた17inchのMacbook proのアップデート。さらにiTunesでのDRMフリー楽曲の拡充。くらいですかね？最近は専らiPhone周りの話が盛り上がっていたのですが、今回はほとんどなし。Keynote Remoteと3G通信での楽曲ダウンロードぐらいでしたね。

アップルのイベント前にはいろいろな噂が立って、まあそれが面白かったりもするのですが、Mac miniのアップデートは一番ありそうでなかったですね。iPhone nanoとかなんだったんでしょうか?次期OSX Snow Leopardの話も無かったみたいですし。WWDCではジョブズの快気祝いでひとつドカンとよろしく頼みますよ、アップルさん。

2009年 あけましておめでとうございます

あけましておめでとうございます。2009年になりました。

2007年は42投稿、2008年は41投稿ということで、週に1回以下しか書くことができなかったので、今年2009年の目標としては週1投稿で50投稿くらいを目標にやっていきたいと思います。

LinkshareからValuecommerceへ

Apple Online Storeからお知らせが。。

使用ブラウザ統計

このブログを購読してくれている方々、および検索から辿り着かれた方々の使用ブラウザをちょっと調べてみました。

直近の1ヶ月間(08/9/17-08/10/17)のデータです。

Firefox : 46.65%
IE : 36.71%
Safari : 12.78%
Chrome : 2.03%
Opera : 0.81%
Netscape : 0.61%
Mozzila : 0.41%

なんといっても、Firefox率の高さとIE率の低さ。IEよりもFirefox利用者の方が多いという結果になりました。Google Chromeも2%と健闘しています。Macの話題を扱っているせいか、Safariも多いですね。世の中の平均からは大きくかけ離れた結果となりました。

新しいMacbookPro & Macbook & Cinema display発表

Appleの新製品発表会をGizmodeのLiveblogでフォローしていましたが、新しいノートが発表になりましたね。


今回のラインナップ刷新で全体的に、アルミとブラック、ガラスという現行iMacとiPhone 3Gのデザインに統一されました。とても高級感がありつつ、生産ラインをアルミボディ削り出し一枚板にすることによって、大幅に部品を削減しさらに製造コストも削減しているようで、アップルが製造工程について詳細な紹介をするのは珍しいなと思いました。グラフィックチップがMacbookはNVIDIA 9400M chipset、MacbookProはNVIDIA 9400M 9600M chipsetが両方(!)入っているらしいです。また、17インチのMacbookProは姿を消しました新しいデザインのものはありませんが、旧デザインでアップデートされました。

MacbookAirもスペックアップしました。Cinema displayもデザイン刷新しました。

ノーベル化学賞はGFPの発見に

化学賞発表されましたね。
Chemistry 2008

物理学賞はちょっと詳しくないので勉強しないといけませんが、今回の化学賞は私にとってもとてもなじみ深い研究内容に対するものでした。

"for the discovery and development of the green fluorescent protein, GFP"

GFPというのはgreen fluorescent proteinの略で日本語に直訳すると緑色蛍光タンパク質ということになるのでしょうか。元々オワンクラゲから単離されたタンパク質で、ある特定の波長の光をあてると緑色に発光するタンパク質です。光を当てるだけで検出できるので生きた細胞に対しても検出することが容易で、しかも、遺伝子工学の発達により他のタンパク質に融合させることができるようになったことによって、そのタンパク質の生細胞内での挙動を観察することができるようになりました。

現在ではこのGFPの発見を礎に多種多様な蛍光タンパク質が開発されています。最近の理研の宮脇先生の新規蛍光物質や京大の松田先生のFRETなどlive cell imagingの発展につながっています。

私も研究室でGFPやYFPのついたタンパク質を使って、よく細胞を光らせています。その現在の細胞生物学の発展に対する貢献度を考えれば、一般には馴染みがなくても生物化学の研究者であれば受賞は誰もが納得することでしょう。むしろ、まだもらってなかったんだ、という感じですね。

ちなみに、今ニュースでやってましたが、受賞者の下村先生、自宅に研究室を持っているらしいです。うらやましい。

ノーベル医学生理学賞2008

ノーベル賞の季節ですね。

医学生理学賞が発表されました。
Medicine 2008

ヒトパピローマウイルス(HPV)の発見をした、ドイツのHarald zur Hausen博士とエイズウイルス(HIV)の発見をした、フランスのFrançoise Barré-Sinoussi博士とLuc Montagnier博士の３氏に贈られることが決まりました。

2007年は胚性幹細胞の遺伝子改変技術、 2006年はRNA干渉と生物学の技術進歩に対しての受賞でしたが、2005年のヘリコバクター・ピロリ菌以来、病気と直結する内容での受賞で世の中の関心も高いのではないのではないかと思います。

HPV、HIVともにsexによって感染しうるウイルスです。HPVは女性の子宮内に感染すると一般的には数年でウイルスは消失するらしいのですが、長期間感染していると最悪の場合、子宮頸癌を引き起こすことが知られていますが、いくつかの型についてはワクチンが開発されているようです。HIVはヒトの免疫系で重要な働きをするT細胞を破壊することによって後天性免疫不全症候群を引き起こします。根本治療法は未だに開発されていません。





  

My NCBIのUIが刷新

最近は専らRSSリーダー経由だったり、Firefoxの検索窓経由だったりでPubMedのサイトをよく眺める機会がなかったのですが、ふと久しぶりにMy NCBIのページを見てみると、デザインというかユーザーインターフェースが大幅に改良されているのを発見しました。いつからでしょうかね？

 

 何せあまりMy NCBI使っていないもので（メール配信は使用していますが）、機能的なことはあまり詳しくわからないのですが、何かいい機能はないか暇を見つけて探ってみようと思います。

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My NCBI - Home

PubMed Search Widget for MacOSX

MacOSXダッシュボードからPubMed検索ができるウィジェットを２つ紹介します。

Hiroyo NISHIDEさんという方が作成されたこちら。
Hiroyo’s Outbox::PubMed search

 

 

設定画面で検索語を入力するとその結果が20件表示されます。

もう一つは非常にシンプル。
PubMed Widget

検索窓があるだけで、検索結果はブラウザ上に表示されます。

関連記事
Moslogs: Firefoxの検索バーにPubMedとGoogle Scholarを追加する

PubMedの検索結果をRSSで取得する

おなじみ、PubMedの画面です。

検索ワードを入力し検索します。

検索結果が表示されたら[Send to]から[RSS Feed]を選択します。

記事数が一定数を超えたら制限するように設定できますが、まあmax100にしておいていいと思います。さらにFeedのタイトルを設定します（あとでいくらでも変えられると思います）。そして[Create Feed]ボタンを押すと、次のような表示が現れるの、

XMLと書かれたオレンジ色のリンクをクリックします。すると、

Feedが作成されるので(画面はFirefox)、お好みのFeed Readerに登録。

完了です。

この方法を使えば、RSS, ATOM配信をしていない雑誌のFeedを作成することができるます。自分にとって最適なFeedを作成するにはこちらを参考にしてみてください。

もちろん各ジャーナルサイトでRSS配信をやっているところはあえてこの方法を使う必要ないです。

が、

自分の場合は、各ジャーナルのFeedと各キーワードのFeedを、織物の縦糸と横糸のように配置して購読しています。こうすることで、自分の関連する論文を漏れなくチェックできるようになるんです。

いかがでしょうか？

PubMedで賢く検索する方法

演算子とタグ。この2つをうまく組み合わせれば膨大なデータベースの中から自分の欲しい論文の情報を素早く検索することができると思います。

まずは「AND」「OR」「NOT」。必ず大文字です。

例えば、「platelets AND (integrin beta3 OR CD61) NOT endothelial cells」という検索をした場合、どのような論文はヒットするかというと、plateletsを含み、integrin beta3、CD61のどちらかあるいは両方を含むが、endothelial cellsは含まない論文がヒットします。（これだけの条件でも500報を超える論文がヒットしますね。。。）

もうひとつタグについて。タグは検索語の語尾につけます。また、タグは小文字でも構いません。 PubMedの検索窓で使用できるタグはたくさんあります。詳しくは下のリンク先を参照してください。

Search Field Descriptions and Tags

以下、私がよく使う代表的なタグです。

[AU] 著者検索
「山田太郎」さんの場合、「yamada t [au]」で検索します。ただしこの場合、同姓同名の人はもちろん山田(たけし、たかし、としゆき等々)さんは全員引っかかってくるので注意が必要です。 実際には2人以上の人名かほかの検索語と一緒に使うことが多いですね。文献紹介の前なんかにその論文の著者たちがどのような仕事をしてきたか、なんかを調 べたりするのに便利です。First authorは[1AU]です。

[TA] ジャーナル名での検索
雑誌名で検索。「Nature Medicine」の中から検索したい場合、「nature medicine [ta]」あるいは「nat med [ta]」で検索します。journal名は省略形でも可能です。PNASは「pnas [ta]」でいける。れも、他の検索語と一緒に使うことが多い。

[PMID] ユニークID
PubMedに登録されている論文にはすべて、固有のIDナンバーが割り振られているが、これがわかっている場合、これを入力すれば一発で目的の論文にた どり着ける。ただし最近は、数値だけ入れたら勝手に[uid]タグが付与されて、ID検索ができる模様。検索窓に「1000000」等と入れると PubMed IDのキリ番ゲッターを検索することができます。

[TI] タイトル中にある語句
タイトルに限定して検索したいときに使います。アブストラクトまで含めたい場合は[TIAB]です。タイトルにneurogenesisという語句が入っている論文を探したい時は「neurogenesis [ti]」で検索します。

PubMedの検索アルゴリズムもどんどん進化しているようで、最近では雑誌名とボリューム、先頭のページを羅列するだけでも、かなり正確に検索結果を返してくれます。

例えば、Nature Vol.455 Page 383- だと、「nature 455 383」と入力するだけで大丈夫です。これは便利ですね。（ほかの論文もヒットしてきますが。。。）

ほかにも、いろいろタグがありますし、いろいろとやってみると面白いかと思います。こういうやり方が便利だよ、って言うのがあったらぜひ教えていただきたいです。