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2008-06-02

クイズ「Biology or Physics?」

GIGAZINEの記事で見たのだが、12問中10問正解だった。生物学(Biology)と物理学(Physics)に関わりのある12枚の写真が並べてあって、それぞれがどちらのカテゴリの写真かを選ぶのだが、2問間違えてしまった。

日頃から細胞は顕微鏡で観察するので見慣れているのだが、いつもとても美しいと思うし、反対に宇宙の写真(星雲や惑星)もとても美しいと思うと同時に、両者に何かしらの共通性を感じるし、サイエンスをやっていてよかったなぁと思う。

もっとサイエンスをモチーフにしたアート作品や商業デザインが出てきていいのではないかと思う。研究者だけのものにしておくのにはもったいない。

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Biology or Physics?

2008-04-29

SOYJOYは腹持ちがいいと感じてはいたが

実験をしていて、夕方になるとなんとなく空腹感を感じます。

そんなとき最近は買い込んでおいたSOYJOYを口にすることが多いのですが、内容量的にはにはおにぎりやパンよりも小さいのに、これ一つ食べるだけで結構満足できるというか空腹感が緩和され、さらにそれが持続する感じがするのです。

まあ、おにぎりやパンは炭水化物で、一方SOYJOYはCMでも強調しているとおり大豆が原料なので、タンパク質が豊富だから炭水化物とタンパク質の代謝系の時間差だろうという推測をたてていたわけで、まあ実際そうなのですが、それ以外に別に要因があるということが最近分かったそうです。

2008年03月24日 アサヒビール株式会社 ニュースリリース
「植物性タンパク」の中から"満腹感"を長く持続する素材を発見!〜 "満腹たんぱく"と命名し、その作用メカニズムを解明 〜
http://www.asahibeer.co.jp/news/2008/0324.html

ニュースリリースでは植物性タンパクとなっていますが、報道によると大豆のタンパク質成分の一種だそうです。

満腹たんぱくは、食べものが胃から排出される速度が、一般的なタンパク質成分より長いのが特徴だそうで、同カロリーならば腹持ちがいいほうがいいということで、ダイエット食品への応用が期待されているようです。

SOYJOYに「満腹たんぱく」が含有されているかどうかはわからないのですが、なるほどなぁと思った次第です。

余談ですが、SOYJOYは大塚製薬の商品で、大塚製薬といえば「オロナミンC」「ポカリスエット」「カロリーメイト」等のニュートラシューティカルズと分類される食品群に多くの有名ブランドをもっているわけですが、SOYJOYもどうやらモンスターブランドに成りそうな気配ですね。新工場も建設するみたいですし。

2007-08-17

四角いスイカ、四角い細胞

毎日毎日暑くていやになる今日この頃。
久々の更新だが、WIRED VISIONにBiotechnology系の面白い記事を見つけた。

細胞を四角にしてみる――細胞培養の新手法

スイカがまだ成長していない段階で、周りに四角い木枠を設置しておくと、スイカがその木枠に制限された中で成長し、結果的に四角いスイカができあがるというのがある。

スイカを四角にするメリットは、転がらなくなること以外あまり思いつかないのだが、細胞を枠にはめて思い通りの形にできるということで、何ができるだろう?

この研究チームにとっては、培養皿の中で培養すると細胞は、基本的にランダムな細胞形態をとるが、生体内ではそれぞれの特徴を持った形態をとっており、その形態こそが細胞機能にとっても重要であるのではないかというのが、そもそもの興味だったようだ。たしかにそのような研究は見たことがない。

基本的にどのような型枠を使っても可能なのだろうか。例えば、ニューロンのようなものでも?

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Putting a Round Cell in a Square Hole

2007-07-26

10次元を想像する

物理学のド素人でもドラえもんの4次元ポケットは知っている。4次元というはなんなのだということが漠然とした疑問としてあったのだが、はっきりいって意味不明な領域だった。3次元の世界に住んでいる私が4次元という概念を理解できるようになったのは、2次元の世界に済む住人が3次元の世界を理解しようとする姿を想像すればいいということを、ある本(失念)を通じて知ったのがきっかけだった。

WIRED VISIONに面白い記事があったのでそのことを思い出した。

「次元の切り替え」で知覚を変容『スーパーペーパーマリオ』(1)
「次元の切り替え」で知覚を変容『スーパーペーパーマリオ』(2)


さらにその記事にリンクされていたこの動画。
「Imagining the Tenth Dimention」

10次元を想像する。これを理解するにはもうちょっと時間がかかりそうだ。。。

ある本というのはこれだった。
二次元の世界―平面の国の不思議な物語 (1977年) (ブルーバックス)

2007-06-21

Nature Procedings

O'Reilly Radarより

世界的に権威のある科学誌Natureを発行するNature Publishing Group(NPG)がWeb上で新たな試みを始めたようだ。研究成果をウェブ上に掲載してしまおうというコンセプトのもとに、簡単に早く投稿できるような仕組みがあるようだ。

読者は評価するプロシーディングに対して投票することができ、コメントを残すことができる。さながら常時開催の国際学会のようだ。

単なるお遊びの落書きではなく、Creative Commons Attribution LicenseのもとにDOIも付与されるということだ。ただピアレビューなしということで、内容の質ということになると若干の不安がある。

同様の試みとしてPublic Library of Science(PLoS)の運営するPLoS ONEがある。もともとScienceとWebは親和性の高いものであるのだが、出版社であるNPGがこういう形態に参入してくるというのはWeb2.0時代の象徴かもしれない。

こういう試みはこういうコミュニティーの形成は大多数の集団が参加することによって、次第に洗練されていくものであるので、どれほどの科学者が参加してくるかが成功の鍵であろう。

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Nature Precedings
Plos ONE

2007-06-09

Cell Stem Cell創刊

Cell PressのStem Cell専門誌「Cell Stem Cell」が気づいたら創刊していた。

山中先生がiPS細胞について総説を書いている。読んでみよう。

最近ES細胞関連の論文がいろいろと出ているようなので、ちょっとまとめて勉強してみようと思う。

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Cell Stem Cell Launched !
Cell Stem Cell

2007-05-18

症状検索エンジン MEDgle

MEDICAL+Google=MEDgleということだろうか?とはいってもGoogleとは何の関係もないようである。

症状の検索に特化した検索エンジンMEDgle。検索窓に気になる症状(2種類)を入力し、発症期間、性別、年齢、喫煙するか?、肥満であるか?ということを選択して検索すると、可能性のある病名がたくさんヒットする。さらにそれぞれの病名をクリックするとその病気に関連したサイトリンクが表示される。

今のところ英語版とスペイン語版しかなく、日本語での検索ができないのでちょっと使ってみようかという分には敷居が高いのだが、専門家であれば使えることもあるのではないだろうか。

いまのところ、参照できる症状数は少ないものの「Yahoo!ヘルスケア - 家庭の医学」のほうが今のところ一般向け日本語サイトとしては使いやすいと思う。

個人的には、(株)万有製薬の提供している「メルクマニュアル(専門家向け)」を参照することが多い。このメルクマニュアルには一般向けに「メルクマニュアル家庭版」もある。

MEDgleは単なる検索エンジンなのでそこまで期待してはいけないのかもしれないが、ユーザーの病気に対する適切な情報がほしいというニーズを満たすには、データベースの充実、あるいは既存のデータベースをいかにランクの上位に持ってくるのかということが重要であろう。

本家Googleはどう考えているのだろうか?

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MEDgle - search your symptoms
THE MERCK MANUAL MEDICAL LIBRARY

2007-05-17

化学楽器 Chemical Instruments

5/14日の投稿でタンパク質のアミノ酸配列を音楽に変換するBiologyとMusicのコラボレーションを紹介した。

今回は楽器のあり方という視点で、生物学や化学に注目している興味深い事例を紹介する。

現代の楽器というのは通常、叩く、弾く、といった物理現象に基づくものであるのだが、(株)ソニックヘッド プロデューサーの宮下芳明氏は生物学や化学など、物理学とは異なる広い意味での「自然現象」のなかに楽器の発音機構を見いだし、実際に研究、パフォーマンスを行っている。

Dangomusicに関しては、予測不能。
泡音リズムやpHテルミンはテクノ系の楽曲で十分に使えそうである。文字通りChemical Brothersあたり使ってもらいたい。

化学楽器
宮下芳明氏のサイト

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Chemical instumentsSome movies with English captions are available.

2007-05-14

タンパク質の奏でる音楽

Conversion of amino-acid sequence in proteins to classical music: search for auditory patterns

Rie Takahashi and Jeffrey H Miller

Genome Biology 2007, 8:405 doi:10.1186/gb-2007-8-5-405

タンパク質のアミノ酸配列を音楽性を損なうことなく音符へと変換して楽譜を作成したという報告。Genome Biologyの論文であるにも関わらずfigureが楽譜ということで目を引かれた。論文のAddtional Filesに実際に変換された音源がおかれている(研究チームのページにもある)が、確かに不協和音などがあまりなく音楽として成り立っている感がある。自然界が、30億年の生命の歴史が作った音源。是非これをベースに久石譲さんあたりにアレンジをしていただきたいものだ。

Journal site
Pubmed
gene2music

2007-05-13

カラスが賢い理由を科学的に実証

ITmedia newsより

カラスはやっぱり賢い 「脳地図」作成で明らかに

カラスはやはり賢い──カラスの脳を詳細に調べた「脳地図」の作成に慶応義塾大学のグループが世界で初めて成功した。カラスは知性が高いとされてきたが、賢いことが科学的にも実証できたという。


慶応義塾大学の渡辺茂教授と伊澤栄一准教授のグループがカラスの脳切片を作成し、解剖学的にマッピング、解析したところ、思考や学習、感情をつかさどる大脳の特に「巣外套」「高外套」といわれる知的活動に関係する部分が大きく、よく発達しているということを明らかにしたそうだ。

確かにカラスはゴミの日を覚えているような気がするし、カラス除けを設置する人間を冷静な目で観察しているような気もするし、賢いというのは何となく感じてはいたことだが、脳の構造的にもそれが確認されたということだ。

しかし、このような脳の発達は鳥類の中でカラスだけなのか?なぜカラスの脳は発達するに至ったのか?謎は多い。

カラスの「脳地図」(5月14日以降に公開)

2007-05-10

CDBラボパニック

理研CDBがFlashゲームを公開した。
実験系生物学研究者からしてみれば、なるほどそこにゲーム性を見いだしたかというような8つのゲームからなっている。面白い試みだ。理研のようなまじめな機関が公開するゲームはほとんど例がないし、あったとしてもゲーム的にどうなんだろうというようなものになりそうだが、教育効果を抜きにしてもクオリティの高いゲームとなっている。

子供向けオンラインゲームというふれこみだが、難易度はかなりのもの。マウス操作に対する反応がかなりシビアなので、ラボ通いの大人でも苦労するのではないだろうか。単純であるが故にかなり中毒性の高いゲームとなっているので、実験の合間の息抜き程度で止めておくことをオススメする。

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CDB Lab Panic!


The RIKEN CDB is delighted to announce the release of CDB Lab Panic, a new online game for kids featuring fast-paced simulations of experiments and phenomena. The software includes eight mini-game scenarios based on real lab activities like pipette-work and mutant screening, challenging players with three increasingly difficult levels in each module. After selecting a character and customizing his or her appearance, players can test their lab skills all 8 games and save their high scores to the game ranking website for posterity.


プレスリリース
http://www.cdb.riken.jp/jp/04_news/articles/070501_labpanic.html

日本語版
http://www.cdb.riken.jp/webgame-j

English Version
http://www.cdb.riken.jp/webgame-e

2007-04-26

地球によく似た惑星を発見

ヨーロッパの天文学者チームが地球によく似た惑星を発見した。大きさは地球の1.5倍、平均気温が0〜40℃で液体の水が存在するのに必要な条件を備えているという。しかも、比較的近い(とはいっても20.5光年離れているが)ということだ。この距離というのはオリジナルのタイトルにもあるとおり、habitable zone(居住可能な領域)ということで、注目されている。

Astronomers have discovered the most Earth-like planet outside our Solar System to date, an exoplanet with a radius only 50% larger than the Earth and capable of having liquid water. Using the ESO 3.6-m telescope, a team of Swiss, French and Portuguese scientists discovered a super-Earth about 5 times the mass of the Earth that orbits a red dwarf, already known to harbour a Neptune-mass planet. The astronomers have also strong evidence for the presence of a third planet with a mass about 8 Earth masses.


Link to the press release
Astronomers Find First Earth-like Planet in Habitable Zone

2007-04-24

ライフサイエンス辞書 WebLSD

研究の世界では英語が共通語。特に生命科学系の研究をするにあたって、英語がわからないではどうにもならない。英語で情報を収集し、英語で情報を発信するという行為から逃れることはできない。しかしながら、情報収集、論文を読むことはなんとかなっても、情報発信、論文を書くほうは英語を母国語としない日本人にとっては多かれ少なかれ苦労を要する作業である。

私も論文を書くのは、はっきり言ってとても苦労する。専門用語を羅列することは慣れれば難しくないのだが、動詞の使い方や助詞の用法、前置詞の使い方など、ネイティブには当然のこととして体に染み付いていることを正しく違和感がないように使うことがとても難しい。

そんなときにお世話になっているのがWebLSD(ミラーサイトあり)というオンライン辞書である。

単語検索はもちろん便利であるが、特に重宝させてもらっているのが共起検索。この検索は実際に出版されている英語論文の中で使われている文章において、検索した単語の前後のつながりでどのような使われ方がされているかを統計的に示してくれる。

例えば、共起検索で「generated」と検索すると、「generated」という単語を使った文章の一覧が表示される。ここまでならば、Google Scholarでも同じことができるのだが、さらに集計値をみると「generated」という単語の後に来る前置詞として「generated by」60例、「generated in」27例、「generated from」23例という風に数値で示してくれる。もちろん自分の意図する表現に最適な用法はどれであるのかは考えなければならないが、少なくとも「英語論文ではこう書くのが普通だろ」という傾向を示してくれるという点でとても参考になる。もちろん、1単語だけでなくても検索することができる。

私は論文を書くときにブラウザのタブ1つにWebLSDを開いておいて、迷ったときには共起検索をかけてその結果を参考にさせてもらっている。

この辞書は京都大学大学院薬学研究科生体機能解析学分野の金子周司先生を中心とするグループが作成している。ホームページはこちら。ライフサイエンス辞書。オンライン辞書サービスのほかにもいろいろとサービスがある。ATOK対応の拡張辞書、ライフサイエンス辞書Plus 2007 for ATOKもある。またWebLSDにはWindows XP/2000版の Internet Explorer および Windows/Mac OS X版の Firefox用のWebLSDツールバーもある。

今後さらに機能が充実していくことを期待しております。

English site
Life Science Dictionary

2007-04-12

Error bars in experimental biology

The Journal of Cell Biology, Vol. 177, No. 1, 7-11 (2007)

Error bars in experimental biology
Geoff Cumming, Fiona Fidler, and David L. Vaux

生物学の実験をする上で避けては通れない統計処理。エラーバーの正しい付け方、正しい記述の仕方を8つのルールを掲げて丁寧に説明してある。そんなことは常識じゃないかという方も多いだろうが、研究室に配属されて実験を始めたばかりの人にとっては是非押さえておきたいところ。とてもわかりやすくて読みやすい書き方がしてあるので、読んでみてはいかがだろうか。

2007-04-08

宇宙版Google Earth、Wikisky

CNET Japanより。

天文学ファン必見!--宇宙版Google EarthのWikiskyとは

実はGoogleともWikiとも関係ないのだが、一瞬目を奪われてしまうタイトルだったのでご紹介。Google Earthはウェブ上の地球儀であるが、このWikiskyはその天球儀版。まだ完全ではないみたいだが、星座の位置がわかったり何気に日本語表示されたり(といっても、星座の名前だけだが。。)、現段階では操作性はリリース初期のGoogle Mapsといった感じ。ただし、Google Mapとは拡大縮小のスケールバーが上下逆なあたりにこのサイトのGoogleと一線を画す自己主張が含まれているのだろうか。今後改良がなされていくことに期待。

WIKISKY is a non-commercial project. The main purpose of WIKISKY is to consolidate astronomical, astrophysical and other information about different space objects and astrophysical facts.

WIKISKY.ORG

2007-04-04

タミフルは悪か?

何かと世間を騒がせているタミフルだがどうやら耐性ウイルスが確認されたようだ。

ウイルスにしろ細菌にしろ、点変異や組換変異によって変異を起こし薬剤に対して耐性を示すようになることはある。そういう点で、ある意味いたちごっこの側面があり、耐性を獲得したウイルスなり細菌なりが抗ウイルス薬や抗生物質の存在下では選択的に生存できるために、集団感染等につながりやすい。

タミフルといえば、異常行動との関連性があるのかどうかについて興味深い。現在のタミフルと異常行動との関連性の調査がどのように行われているのか詳しくは知らないが、おそらくインフルエンザ患者のうちタミフル服用者と非服用者とで、異常行動が現れた患者の割合を統計的に調査しているのだと思うが、これを分子生物学的に解明しようと思ったらどうしたらいいのだろうか。

昔からインフルエンザ脳症等のウイルス性脳症がみられることはわかっているが、どうやらウイルスによる脳血管障害説など諸説あるようだが原因はいまいちよくわかっていないようだ。ウイルス性脳症とニュースを騒がせている異常行動との関連性もよくわからない。

ここからは妄想にすぎないが、仮にタミフルが異常行動を引き起こすとすると、タミフルが結果的に中枢神経系に作用しうる何かをミミックするということなのだろうか?

解明されるのを待ちたい。