iPapers2はあるけどiPapers1はどこ？

以前にも紹介したMacで生命科学系論文の管理するためのフリーウェア「iPapers」。

iPapers2もリリースされ、作者様のサイトもリニューアルされたようです。しかしながら、それに伴いダウンロードのページを覗いてもiPapers1系のダウンロードリンクが見当たりません。iPapers2はOSX 10.4(Tiger)以降用なので、10.3(Panther)を使っている私はどうしてもiPapers1が必要なのです。

というわけで探したところ、何のことはない、作者様の旧ページのここにありました。(新ページからのリンクがうまく飛ばないようです。)iPapers1系の最後のリリース1.0.18があります。Panther使いの皆さんはこちらをダウンロードしてください。

最近Tiger,Leopardの環境も使えるようになったのですが、このiPapers1.0.18は、私の場合Panther、Tiger、Leopardの、どの環境においても非常に安定に動作しています。iPapers2.0.0は他の方も指摘されていますが若干不安定です。しかし、Supplemental fileの管理といった魅力的な機能も追加されているので期待しております。

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iPapers - http://ipapers.sourceforge.net/iPapers.html

Free application for managing PDF articles on Mac

Nature Procedings

O'Reilly Radarより

世界的に権威のある科学誌Natureを発行するNature Publishing Group(NPG)がWeb上で新たな試みを始めたようだ。研究成果をウェブ上に掲載してしまおうというコンセプトのもとに、簡単に早く投稿できるような仕組みがあるようだ。

読者は評価するプロシーディングに対して投票することができ、コメントを残すことができる。さながら常時開催の国際学会のようだ。

単なるお遊びの落書きではなく、Creative Commons Attribution LicenseのもとにDOIも付与されるということだ。ただピアレビューなしということで、内容の質ということになると若干の不安がある。

同様の試みとしてPublic Library of Science(PLoS)の運営するPLoS ONEがある。もともとScienceとWebは親和性の高いものであるのだが、出版社であるNPGがこういう形態に参入してくるというのはWeb2.0時代の象徴かもしれない。

こういう試みはこういうコミュニティーの形成は大多数の集団が参加することによって、次第に洗練されていくものであるので、どれほどの科学者が参加してくるかが成功の鍵であろう。

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Nature Precedings
Plos ONE

Cell Stem Cell創刊

Cell PressのStem Cell専門誌「Cell Stem Cell」が気づいたら創刊していた。

山中先生がiPS細胞について総説を書いている。読んでみよう。

最近ES細胞関連の論文がいろいろと出ているようなので、ちょっとまとめて勉強してみようと思う。

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Cell Stem Cell Launched !
Cell Stem Cell

タンパク質の奏でる音楽

Conversion of amino-acid sequence in proteins to classical music: search for auditory patterns

Rie Takahashi and Jeffrey H Miller

Genome Biology 2007, 8:405 doi:10.1186/gb-2007-8-5-405

タンパク質のアミノ酸配列を音楽性を損なうことなく音符へと変換して楽譜を作成したという報告。Genome Biologyの論文であるにも関わらずfigureが楽譜ということで目を引かれた。論文のAddtional Filesに実際に変換された音源がおかれている(研究チームのページにもある)が、確かに不協和音などがあまりなく音楽として成り立っている感がある。自然界が、30億年の生命の歴史が作った音源。是非これをベースに久石譲さんあたりにアレンジをしていただきたいものだ。

Journal site
Pubmed
gene2music

ライフサイエンス辞書 WebLSD

研究の世界では英語が共通語。特に生命科学系の研究をするにあたって、英語がわからないではどうにもならない。英語で情報を収集し、英語で情報を発信するという行為から逃れることはできない。しかしながら、情報収集、論文を読むことはなんとかなっても、情報発信、論文を書くほうは英語を母国語としない日本人にとっては多かれ少なかれ苦労を要する作業である。

私も論文を書くのは、はっきり言ってとても苦労する。専門用語を羅列することは慣れれば難しくないのだが、動詞の使い方や助詞の用法、前置詞の使い方など、ネイティブには当然のこととして体に染み付いていることを正しく違和感がないように使うことがとても難しい。

そんなときにお世話になっているのがWebLSD(ミラーサイトあり)というオンライン辞書である。

単語検索はもちろん便利であるが、特に重宝させてもらっているのが共起検索。この検索は実際に出版されている英語論文の中で使われている文章において、検索した単語の前後のつながりでどのような使われ方がされているかを統計的に示してくれる。

例えば、共起検索で「generated」と検索すると、「generated」という単語を使った文章の一覧が表示される。ここまでならば、Google Scholarでも同じことができるのだが、さらに集計値をみると「generated」という単語の後に来る前置詞として「generated by」60例、「generated in」27例、「generated from」23例という風に数値で示してくれる。もちろん自分の意図する表現に最適な用法はどれであるのかは考えなければならないが、少なくとも「英語論文ではこう書くのが普通だろ」という傾向を示してくれるという点でとても参考になる。もちろん、1単語だけでなくても検索することができる。

私は論文を書くときにブラウザのタブ1つにWebLSDを開いておいて、迷ったときには共起検索をかけてその結果を参考にさせてもらっている。

この辞書は京都大学大学院薬学研究科生体機能解析学分野の金子周司先生を中心とするグループが作成している。ホームページはこちら。ライフサイエンス辞書。オンライン辞書サービスのほかにもいろいろとサービスがある。ATOK対応の拡張辞書、ライフサイエンス辞書Plus 2007 for ATOKもある。またWebLSDにはWindows XP/2000版の Internet Explorer および Windows/Mac OS X版の Firefox用のWebLSDツールバーもある。

今後さらに機能が充実していくことを期待しております。

English site
Life Science Dictionary

Error bars in experimental biology

The Journal of Cell Biology, Vol. 177, No. 1, 7-11　(2007)

Error bars in experimental biology
Geoff Cumming, Fiona Fidler, and David L. Vaux

生物学の実験をする上で避けては通れない統計処理。エラーバーの正しい付け方、正しい記述の仕方を8つのルールを掲げて丁寧に説明してある。そんなことは常識じゃないかという方も多いだろうが、研究室に配属されて実験を始めたばかりの人にとっては是非押さえておきたいところ。とてもわかりやすくて読みやすい書き方がしてあるので、読んでみてはいかがだろうか。

iPapersで文献管理

Macで生命科学系論文の管理するためのフリーウェア　iPapers

iPapers

PubMedや雑誌ウェブサイトからダウンロードした論文のPDFファイルがデスクトップにたまって、どうやって管理しようかと思っていたところにこのアプリケーションを見つけたのが、３年くらい前。それ以来、大変に重宝させてもらっている。

オンラインであることが条件だが、このソフトでは、論文の検索、ダウンロード、管理をすべて行うことができる。

iPapers経由でダウンロードした論文は自動的にPubMed ID(PMID)がファイル名となり(XXXXXXXX.pdf)指定したフォルダに保存される。また、すでに持っているファイルやウェブブラウザからダウンロードしたファイルもPMIDをファイル名してiPaper上にドラッグアンドドロップするだけで自動的に情報を取得し、インデックス化される。

インデックス化された論文は雑誌名、著者名、さらに出版年でブラウズすることができ、キーワード検索も可能である。

また、iTunesのプレイリストなどと同様に選択したものだけをFavoriteとしてまとめることができ、それらをVancouver StyleやEndnote textなどにエクスポートすることができるので、論文を書く際にリファレンスをまとめておくのにも便利である。

ほかにもさまざまな機能があるので、ぜひ使用してみてはいかがだろうか。

作者様には感謝してこれからも使わせていただきます。iPapers2の開発にも期待です。

English site
iPapers