2009年 あけましておめでとうございます

あけましておめでとうございます。2009年になりました。

2007年は42投稿、2008年は41投稿ということで、週に1回以下しか書くことができなかったので、今年2009年の目標としては週1投稿で50投稿くらいを目標にやっていきたいと思います。

LinkshareからValuecommerceへ

Apple Online Storeからお知らせが。。

使用ブラウザ統計

このブログを購読してくれている方々、および検索から辿り着かれた方々の使用ブラウザをちょっと調べてみました。

直近の1ヶ月間(08/9/17-08/10/17)のデータです。

Firefox : 46.65%
IE : 36.71%
Safari : 12.78%
Chrome : 2.03%
Opera : 0.81%
Netscape : 0.61%
Mozzila : 0.41%

なんといっても、Firefox率の高さとIE率の低さ。IEよりもFirefox利用者の方が多いという結果になりました。Google Chromeも2%と健闘しています。Macの話題を扱っているせいか、Safariも多いですね。世の中の平均からは大きくかけ離れた結果となりました。

新しいMacbookPro & Macbook & Cinema display発表

Appleの新製品発表会をGizmodeのLiveblogでフォローしていましたが、新しいノートが発表になりましたね。


今回のラインナップ刷新で全体的に、アルミとブラック、ガラスという現行iMacとiPhone 3Gのデザインに統一されました。とても高級感がありつつ、生産ラインをアルミボディ削り出し一枚板にすることによって、大幅に部品を削減しさらに製造コストも削減しているようで、アップルが製造工程について詳細な紹介をするのは珍しいなと思いました。グラフィックチップがMacbookはNVIDIA 9400M chipset、MacbookProはNVIDIA 9400M 9600M chipsetが両方(!)入っているらしいです。また、17インチのMacbookProは姿を消しました新しいデザインのものはありませんが、旧デザインでアップデートされました。

MacbookAirもスペックアップしました。Cinema displayもデザイン刷新しました。

ノーベル化学賞はGFPの発見に

化学賞発表されましたね。
Chemistry 2008

物理学賞はちょっと詳しくないので勉強しないといけませんが、今回の化学賞は私にとってもとてもなじみ深い研究内容に対するものでした。

"for the discovery and development of the green fluorescent protein, GFP"

GFPというのはgreen fluorescent proteinの略で日本語に直訳すると緑色蛍光タンパク質ということになるのでしょうか。元々オワンクラゲから単離されたタンパク質で、ある特定の波長の光をあてると緑色に発光するタンパク質です。光を当てるだけで検出できるので生きた細胞に対しても検出することが容易で、しかも、遺伝子工学の発達により他のタンパク質に融合させることができるようになったことによって、そのタンパク質の生細胞内での挙動を観察することができるようになりました。

現在ではこのGFPの発見を礎に多種多様な蛍光タンパク質が開発されています。最近の理研の宮脇先生の新規蛍光物質や京大の松田先生のFRETなどlive cell imagingの発展につながっています。

私も研究室でGFPやYFPのついたタンパク質を使って、よく細胞を光らせています。その現在の細胞生物学の発展に対する貢献度を考えれば、一般には馴染みがなくても生物化学の研究者であれば受賞は誰もが納得することでしょう。むしろ、まだもらってなかったんだ、という感じですね。

ちなみに、今ニュースでやってましたが、受賞者の下村先生、自宅に研究室を持っているらしいです。うらやましい。

ノーベル医学生理学賞2008

ノーベル賞の季節ですね。

医学生理学賞が発表されました。
Medicine 2008

ヒトパピローマウイルス(HPV)の発見をした、ドイツのHarald zur Hausen博士とエイズウイルス(HIV)の発見をした、フランスのFrançoise Barré-Sinoussi博士とLuc Montagnier博士の３氏に贈られることが決まりました。

2007年は胚性幹細胞の遺伝子改変技術、 2006年はRNA干渉と生物学の技術進歩に対しての受賞でしたが、2005年のヘリコバクター・ピロリ菌以来、病気と直結する内容での受賞で世の中の関心も高いのではないのではないかと思います。

HPV、HIVともにsexによって感染しうるウイルスです。HPVは女性の子宮内に感染すると一般的には数年でウイルスは消失するらしいのですが、長期間感染していると最悪の場合、子宮頸癌を引き起こすことが知られていますが、いくつかの型についてはワクチンが開発されているようです。HIVはヒトの免疫系で重要な働きをするT細胞を破壊することによって後天性免疫不全症候群を引き起こします。根本治療法は未だに開発されていません。





  

My NCBIのUIが刷新

最近は専らRSSリーダー経由だったり、Firefoxの検索窓経由だったりでPubMedのサイトをよく眺める機会がなかったのですが、ふと久しぶりにMy NCBIのページを見てみると、デザインというかユーザーインターフェースが大幅に改良されているのを発見しました。いつからでしょうかね？

 

 何せあまりMy NCBI使っていないもので（メール配信は使用していますが）、機能的なことはあまり詳しくわからないのですが、何かいい機能はないか暇を見つけて探ってみようと思います。

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My NCBI - Home

PubMed Search Widget for MacOSX

MacOSXダッシュボードからPubMed検索ができるウィジェットを２つ紹介します。

Hiroyo NISHIDEさんという方が作成されたこちら。
Hiroyo’s Outbox::PubMed search

 

 

設定画面で検索語を入力するとその結果が20件表示されます。

もう一つは非常にシンプル。
PubMed Widget

検索窓があるだけで、検索結果はブラウザ上に表示されます。

関連記事
Moslogs: Firefoxの検索バーにPubMedとGoogle Scholarを追加する

PubMedの検索結果をRSSで取得する

おなじみ、PubMedの画面です。

検索ワードを入力し検索します。

検索結果が表示されたら[Send to]から[RSS Feed]を選択します。

記事数が一定数を超えたら制限するように設定できますが、まあmax100にしておいていいと思います。さらにFeedのタイトルを設定します（あとでいくらでも変えられると思います）。そして[Create Feed]ボタンを押すと、次のような表示が現れるの、

XMLと書かれたオレンジ色のリンクをクリックします。すると、

Feedが作成されるので(画面はFirefox)、お好みのFeed Readerに登録。

完了です。

この方法を使えば、RSS, ATOM配信をしていない雑誌のFeedを作成することができるます。自分にとって最適なFeedを作成するにはこちらを参考にしてみてください。

もちろん各ジャーナルサイトでRSS配信をやっているところはあえてこの方法を使う必要ないです。

が、

自分の場合は、各ジャーナルのFeedと各キーワードのFeedを、織物の縦糸と横糸のように配置して購読しています。こうすることで、自分の関連する論文を漏れなくチェックできるようになるんです。

いかがでしょうか？

PubMedで賢く検索する方法

演算子とタグ。この2つをうまく組み合わせれば膨大なデータベースの中から自分の欲しい論文の情報を素早く検索することができると思います。

まずは「AND」「OR」「NOT」。必ず大文字です。

例えば、「platelets AND (integrin beta3 OR CD61) NOT endothelial cells」という検索をした場合、どのような論文はヒットするかというと、plateletsを含み、integrin beta3、CD61のどちらかあるいは両方を含むが、endothelial cellsは含まない論文がヒットします。（これだけの条件でも500報を超える論文がヒットしますね。。。）

もうひとつタグについて。タグは検索語の語尾につけます。また、タグは小文字でも構いません。 PubMedの検索窓で使用できるタグはたくさんあります。詳しくは下のリンク先を参照してください。

Search Field Descriptions and Tags

以下、私がよく使う代表的なタグです。

[AU] 著者検索
「山田太郎」さんの場合、「yamada t [au]」で検索します。ただしこの場合、同姓同名の人はもちろん山田(たけし、たかし、としゆき等々)さんは全員引っかかってくるので注意が必要です。 実際には2人以上の人名かほかの検索語と一緒に使うことが多いですね。文献紹介の前なんかにその論文の著者たちがどのような仕事をしてきたか、なんかを調 べたりするのに便利です。First authorは[1AU]です。

[TA] ジャーナル名での検索
雑誌名で検索。「Nature Medicine」の中から検索したい場合、「nature medicine [ta]」あるいは「nat med [ta]」で検索します。journal名は省略形でも可能です。PNASは「pnas [ta]」でいける。れも、他の検索語と一緒に使うことが多い。

[PMID] ユニークID
PubMedに登録されている論文にはすべて、固有のIDナンバーが割り振られているが、これがわかっている場合、これを入力すれば一発で目的の論文にた どり着ける。ただし最近は、数値だけ入れたら勝手に[uid]タグが付与されて、ID検索ができる模様。検索窓に「1000000」等と入れると PubMed IDのキリ番ゲッターを検索することができます。

[TI] タイトル中にある語句
タイトルに限定して検索したいときに使います。アブストラクトまで含めたい場合は[TIAB]です。タイトルにneurogenesisという語句が入っている論文を探したい時は「neurogenesis [ti]」で検索します。

PubMedの検索アルゴリズムもどんどん進化しているようで、最近では雑誌名とボリューム、先頭のページを羅列するだけでも、かなり正確に検索結果を返してくれます。

例えば、Nature Vol.455 Page 383- だと、「nature 455 383」と入力するだけで大丈夫です。これは便利ですね。（ほかの論文もヒットしてきますが。。。）

ほかにも、いろいろタグがありますし、いろいろとやってみると面白いかと思います。こういうやり方が便利だよ、って言うのがあったらぜひ教えていただきたいです。