2007-08-17

四角いスイカ、四角い細胞

毎日毎日暑くていやになる今日この頃。
久々の更新だが、WIRED VISIONにBiotechnology系の面白い記事を見つけた。

細胞を四角にしてみる――細胞培養の新手法

スイカがまだ成長していない段階で、周りに四角い木枠を設置しておくと、スイカがその木枠に制限された中で成長し、結果的に四角いスイカができあがるというのがある。

スイカを四角にするメリットは、転がらなくなること以外あまり思いつかないのだが、細胞を枠にはめて思い通りの形にできるということで、何ができるだろう?

この研究チームにとっては、培養皿の中で培養すると細胞は、基本的にランダムな細胞形態をとるが、生体内ではそれぞれの特徴を持った形態をとっており、その形態こそが細胞機能にとっても重要であるのではないかというのが、そもそもの興味だったようだ。たしかにそのような研究は見たことがない。

基本的にどのような型枠を使っても可能なのだろうか。例えば、ニューロンのようなものでも?

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Putting a Round Cell in a Square Hole

2007-07-26

10次元を想像する

物理学のド素人でもドラえもんの4次元ポケットは知っている。4次元というはなんなのだということが漠然とした疑問としてあったのだが、はっきりいって意味不明な領域だった。3次元の世界に住んでいる私が4次元という概念を理解できるようになったのは、2次元の世界に済む住人が3次元の世界を理解しようとする姿を想像すればいいということを、ある本(失念)を通じて知ったのがきっかけだった。

WIRED VISIONに面白い記事があったのでそのことを思い出した。

「次元の切り替え」で知覚を変容『スーパーペーパーマリオ』(1)
「次元の切り替え」で知覚を変容『スーパーペーパーマリオ』(2)


さらにその記事にリンクされていたこの動画。
「Imagining the Tenth Dimention」

10次元を想像する。これを理解するにはもうちょっと時間がかかりそうだ。。。

ある本というのはこれだった。
二次元の世界―平面の国の不思議な物語 (1977年) (ブルーバックス)

2007-07-18

AirMac Expressがアツい (2)

前回のエントリの続き

購入して帰宅。パッケージを開封すると一回り大きなMacBookのACアダプタのような本体とCD-ROMが。基本的に説明書は見ない性格なので、とりあえずルーターからのケーブルをAirMac Expressに接続して電源コンセントに差し込んだ。

iMacの電源を入れるとあら不思議。勝手に認識しているようなのでシステム環境設定のネットワークでAirMacを選択して「今すぐ適用」。試しにブラウザを開くと見事に繋がった。以上。終わり。簡単すぎる。

電波状況も良好。接続速度も問題なし。

とはいっても、無線LANを使うときにはセキュリティ設定をきちんとやっておかないと無法地帯と化すので、AirPort Admin UtilityでWPAの設定とアクセス制御、ネットワークの不可視化等々諸々の設定を施して本当に終了。

研究室ではAirMac Extreme Base Stationを2台使っているのだが、家庭用ならばAirMac Expressで十分事足りることがわかった。コストパフォーマンス的にも。しかもどんどんと電源コンセントの許す限り増設していくことができるので、将来今よりも大きな家に住むことになっても問題なし。USBでプリンタ共有もできたし。

そしてもう一つ。まだ試していないのだがAirTunesという機能が非常に魅力的に映る。ネットワークに接続されたiTunesから同じネットワークに接続されたスピーカーに音楽を飛ばせるというもの。早く無線LAN対応スピーカーを買わなければ。。。

2007-07-13

AirMac Expressがアツい

しばらく更新が滞っていたのには理由があって、住居の引っ越しをしていたためである。定期購読してくれている読者がいるのかどうかわからないが、念のためそういうことでした。

というわけで、引っ越しというのはなんであれネット環境が否応なく制限されるということがわかった。もっとも用意周到にプロバイダーなり回線元に連絡していれば待たされることもなかったのだが。。。

さて、引っ越しをしてはみたが、パソコンとジャックとの距離がちょうど対極に位置していることが判明。ケーブルを2部屋にまたがって縦断させるのはいかがなものかと思い、方策を考えていた。

我が家のコンピューターはMac3台とPC1台。これをケーブル地獄を回避しつつ、うまく接続させるには無線LANしかない、ということで無線LAN導入を決意した。

基本的にはMacがメインなので、大学の研究室でも使用しているAirMac Extremeを見にApple Storeをのぞいてみると、そのとなりにAirMac Expressを発見。別に新製品でもなんでもないのだが、ん??狭いマンションならばこれくらいでいいんじゃないの?と思って購入した。

つづく

2007-06-29

iPhone発売前夜

海の向こうの話であるが、久々にエキサイティングな日になりそうである。少なくとも私にとってはWindows Vistaの発売よりも注目度が高い。

ここへ来てアメリカのメディアが一斉にiPhoneの使用レビューを報道し始めたようだ。もっとも、メディアにもiPhoneの詳細は全く明らかにされていなかった訳で当然といえば当然か。

最も革新的な部分の一つであるタッチスクリーン上の仮想キーボードであるが、当初はBlackBerryなどの物理キーボードなどに比べて使いにくいのではないかという指摘があったが、実際に使ってみると「慣れれば問題なし」という結論がくだされたようだ。この手の類の指摘はこれまでに見たこともないような技術に対しては往々にしてあるもので、人間の適用力には驚かされるばかりである。

この点に関しては、Appleのサイトでも大々的に宣伝が行われているようだ。アメリカ人の手の大きさで大丈夫であるのならば、日本人にも大丈夫であろう。

対岸の火事、ならぬ対岸の祭典に日本としてはやきもきしながら傍観しているしかないのだが、実際にアメリカで使用されることにより見えてくる問題もあるだろうし、それを踏まえた進化版iPhoneが日本に上陸するのを心待ちにしておこうと思う。

2007-06-21

Nature Procedings

O'Reilly Radarより

世界的に権威のある科学誌Natureを発行するNature Publishing Group(NPG)がWeb上で新たな試みを始めたようだ。研究成果をウェブ上に掲載してしまおうというコンセプトのもとに、簡単に早く投稿できるような仕組みがあるようだ。

読者は評価するプロシーディングに対して投票することができ、コメントを残すことができる。さながら常時開催の国際学会のようだ。

単なるお遊びの落書きではなく、Creative Commons Attribution LicenseのもとにDOIも付与されるということだ。ただピアレビューなしということで、内容の質ということになると若干の不安がある。

同様の試みとしてPublic Library of Science(PLoS)の運営するPLoS ONEがある。もともとScienceとWebは親和性の高いものであるのだが、出版社であるNPGがこういう形態に参入してくるというのはWeb2.0時代の象徴かもしれない。

こういう試みはこういうコミュニティーの形成は大多数の集団が参加することによって、次第に洗練されていくものであるので、どれほどの科学者が参加してくるかが成功の鍵であろう。

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Nature Precedings
Plos ONE

2007-06-19

PubMed AbstractPlusへのリンク方法

生命科学研究室のウェブページを管理している皆さんや生命科学系ブログを書いている皆さんへのtips

PubMed AbstractPlusへのリンク方法

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?Db=pubmed
&Cmd=ShowDetailView&TermToSearch=XXXXXXXXX

(改行なしで記述)
(XXXXXXXXXにはPubMed IDを記述)


自分の研究室の業績一覧からPubMedのAbstractPlusのページへのリンクを作成する場合や自分のBlogから論文へのリンクを貼りたい場合には上のURLを指定すればよい。

ちなみにAbstractへのリンクは

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?cmd=Retrieve
&db=pubmed&dopt=Abstract&list_uids=XXXXXXXXX

(改行なしで記述)
(XXXXXXXXXにはPubMed IDを記述)

2007-06-15

WWDC 2007 Keynote

遅ればせながらWWDC 2007ジョブズ氏基調講演のムービーを観た。

トピックとしては
・MacOSX Leopard
・Safari for Windows
・iPhone
というところだろうか。

うーん、あまり盛り上がってないように見えたのは、この前のiPhone発表の時がすごすぎたからだろうか?
おそらく今回の発表で初出のネタが少なかったのが原因だと思う。iPhoneに関しては、日本にいる限りどうも蚊帳の外感があるのでなんとも。。。

個人的に気になったのはSafari 3とWeb Clipの連携。デモを観る限り、かなり簡単にWebサイトをWidget化できるようである。これはFirefoxからSafariへの乗り換えには結構プラスに働くのでは。

iChat+Photo Boothは使い方次第でいろいろと面白いことができそうだ。

Finderのインターフェイスが全体的にiTunesライクになったのも好感である。

これからが楽しみなのはiPhoneのアプリケーションはSafariエンジン上で動くWebアプリケーションだということ。将来iPhoneを使おうと思っている人はSafariも要チェック。

この辺りのことはIT Mediaの解説記事に詳しく書いてある。

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1時間以上あるので暇なときにどうぞ。

WWDC2007 Keynote Address

2007-06-13

Safari 3 beta for Windows 日本語表示に難あり?

以下NIKKEI IT PLUSの記事より引用。

 アップル日本法人に不具合について問い合わせたところ、「マック版では正常に表示されている。ウィンドウズ機がないため確認できない」(広報)という。




ジョークだよな。。。な?


Safari 3 Public beta for Mac + Windows

2007-06-12

Safari 3 Public beta for Mac + Windows

WWDC 2007 ジョブズキーノートより

MacのデフォルトブラウザSafariの最新版Safari3はなんとなんとWindows版もリリースされるとのこと。

私はMacでもWindowsでもFirefox派なので、これまでSafariはあまり使ったことがないのだが、果たしてWindows-IEのホットラインを崩すことはできるのか?かなり疑問なところである。確かにSafariのインターフェイスはOSXのGUIにはとてもフィットするのだがWindowsにはどうなんだろう?動きの軽快さがウリのようだ。

Windowsユーザーの皆さんも一度は使ってみてもいいかもしれない。お気に召したらどうぞ、というぐらいな感じだろう。ブラウザ乗り換えは相当なメリットがないとなかなか難しいのではないだろうか?

ちなみにこのブログの訪問者のうちの約9%がSafariユーザーである。

今現在、英語のベータ版はダウンロードできるようだ。

必要要件
Macintosh : Mac OS X v10.4.9 or later
Windows : Windows XP or Vista

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Safari 3 Public beta for Mac + Windows
Apple - Download Page

2007-06-11

MEGASTAR

メガスターホームページ

MEGASTARの制作者である大平貴之さんおよび大平技研のページ。

宇宙飛行士に憧れていた小学校時代、私もプラネタリウムに足しげく通っては宇宙への想いを膨らませていた。

そんな想いをほぼ独力で形にしたのが大平さんのプロデュースするメガスターだ。NHKの「Top Runner」に出演しているのを観て以来のファンである。小学生の頃からプラネタリウムの製作を始め、アマチュアには不可能とされていたレンズ投影式プラネタリウムを作ってしまう。まさに筋金入り。

プラネタリウムクリエイターという肩書は大平さんのためにあるといっても過言ではないだろう。

子供の頃から没頭していたことを仕事にできたというのはもちろん、それを重荷に感じることなく楽しんでいるというのは私にとって理想の姿である。

最近は満天の星空をみることも、星空を見上げることさえもすっかりなくなってしまったが、先日久々にプラネタリウムに行った時は、忘れかけていた小学生の頃の想いがよみがえってきたようだった。

変わらぬご活躍をお祈りしております。

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Planetalium Creater Takayuki Ohira
MEGASTAR Homepage(in Japanese)
ABOUT MEGASTAR(in English)

2007-06-09

Cell Stem Cell創刊

Cell PressのStem Cell専門誌「Cell Stem Cell」が気づいたら創刊していた。

山中先生がiPS細胞について総説を書いている。読んでみよう。

最近ES細胞関連の論文がいろいろと出ているようなので、ちょっとまとめて勉強してみようと思う。

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Cell Stem Cell Launched !
Cell Stem Cell

2007-06-07

ScribeFireのPublish Options "Post as Draft"



Title欄の横にあるPublishing Optionsボタンを押して、Post as Draftの項目にチェックを入れてからPublishすると、



Bloggerの投稿管理画面の投稿一覧にDraft(下書き)として保存される。



ブラウジング中に投稿に参照したいページがあって、とりあえずそれをメモしたい時、文章は後でゆっくり書いて体裁を整えた後に投稿したい時には、便利な機能である。

しかしながら、ScribeFireで下書きとして保存しておいた記事をScribeFire上で何度も更新してを複数回Post as DrartでPublishすると、Bloggerの投稿一覧管理画面ではその度に別投稿として扱われるようなので、ちょっと面倒なことになるのが難点。これは仕方ないか。。。

本文を囲むように<div xmlns='http://www.w3.org/1999/xhtml'>....</div>が自動挿入されるようだが特に問題はないかと。。

2007-06-06

Movable Type 4

Six Apartのブログツールの新版が登場した。

現在Movable Type 3を個人ライセンスで使っている私のところにも「Movable Type 4」無料バージョンアップキャンペーンのお知らせが届いていた。

現在ベータ版で7月に製品版が登場するようだ。

個人ライセンスは引き続き無償提供されるようなので、正式版が登場したらバージョンアップしてみようと思う。

2007-05-27

Google translate + search resultの使い心地は?(医学専門用語)J to E

Google translateで検索結果の翻訳が可能になったということで、使い心地はいかがなものかとちょっと使ってみた。

「My language: Japanese、Find results in: English」

・例1 割と一般的な名詞

抗原抗体反応


で検索すると下のような画面になる。



日本語でタイプしたキーワードの翻訳が「Translated to:」の形で検索窓の隣に表示される。この場合は「Antigen antibody reaction」。

右半分にOriginal English(隠すこともできる)があり、左半分にJapanese translationが表示される。

その他にいろいろと専門性の高い単語をいくつか調べてみたが、

・例2 タンパク質名
○「アクチン」Translated to: Actin
×「インテグリン」Translated to: integurin (○ Integrin)

・例3 組織名
○「大脳皮質」Translated to: Cerebral adrenal cortex
×「嗅球」Translated to: 嗅 sphere (○ Olfactory Bulb)

・例4 疾患名
○「神経痛」Translated to: Neuralgia
?「骨粗鬆症」Translated to: The bone it is rough the pore symptom ○「Osteoporosis」

このように、専門用語になればなるほどよくわからないことになってくる。検索語を翻訳してその翻訳語にマッチするページを表示するようになっているようなので、検索語が正しく翻訳されなければあまり使えない。今のままでも十分すごいことだが、どんどんと精度は上がっていくのではないだろうか。

「骨粗鬆症」を苦し紛れに「The bone it is rough the pore symptom」と訳したのは秀逸。

2007-05-24

新bloggerにはてなブックマークボタンを表示させてみた

かねてより、「ソーシャルブックマークに追加」ボタンを付けたいと思っていて、まず手始めにはてなブックマークのヘルプサイトを参考にやってみたのだが、そもそも「<!-- Begin #main --> と <!-- End .post --> に囲まれた以下の部分」というのが見つからない。無理矢理にコードを貼ってみるが、何度やってもテンプレートを保存する時に下記のようなエラーが出る。

XML エラー メッセージ: The value of attribute "expr:href" associated with an element type "a" must not contain the '<' character.


htmlとcssの基礎知識しかない私にとって、このエラーが一体何を意味しているのか全くわからなかったので、とりあえず検索してみると、日頃からお世話になっているクリボウさんのBlogger Tips新Bloggerテンプレートのエラーメッセージ一覧がヒットした。

なるほどどうやら<a href="http://b.hatena.ne.jp/entry/<$BlogItemPermalinkUrl$>">の中に<$BlogItemPermalinkUrl$>が入っているのが問題なようだということはわかったが、ではどうしたらいいのか。

いろいろと調べていくうちに、

はてなブックマークのヘルプサイトは旧Bloggerテンプレート用である

・新Bloggerテンプレートは旧Bloggerと全く異なる記述法で書かれている。

ということがわかったので、新Bloggerにしぼって検索するとzikiteさんのBlogger Beta Tipsに最も欲しかった情報がまさにそのままあったので、この通りにしてCSSを少々いじって完成。

やれやれ、現在デフォルトテンプレートを使っているが、いずれ自作テンプレートに変えてやるという密かな野望とは裏腹に、旧Bloggerと新Bloggerのテンプレートの仕組みの違いも知らなかったとは情けない限りである。

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Acknowledgement :

クリボウ様、zikite様、ありがとうございました。ド素人ではありますがこれからも勉強させていただきます。また調べている過程でSu-san様の苦労話も大変参考になりました。ありがとうございました。

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Reference :

Blogger ヘルプ

クリボウのBlogger Tips

Blogger Beta Tips

Dummies Guide to Google Blogger beta : Error Messages in New Blogger Templates.

2007-05-23

Firefoxの検索バーにPubMedとGoogle Scholarを追加する

Firefoxの検索バーにはGoogle、Yahoo!、Amazon等の各種検索エンジンがデフォルトで選択できるようになっているが、これを生物系研究者向けにカスタマイズしてみよう。



あると便利なのがなんといっても、PubMedとGoogle Scholar。



・まずhttp://mycroft.mozdev.org/へアクセス。



・検索窓に「pubmed」と入力し検索。











・いくつかヒットするので「NCBI PubMed」をクリック。









・ダイアログボックスが表示されるので「追加」。



















・以上。検索バーに追加されているはず。































・Google Sholarを追加する際も同様に検索窓から「Google Scholar」で検索すると、これまたいくつかヒットするので「Google Sholar」(2つある。OpenSearch(A9)はMozilla Firefox 2とInternet Explorer 7でも使える)を追加。検索エンジンの順番をかえたいときは「検索バーの管理」からどうぞ。







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http://mycroft.mozdev.org/

Mycroft Project : Sherlock & OpenSearch Search Engine Plugins

PubMed and Google Scholar search plugins and more for Firefox search bar are available.

2007-05-18

症状検索エンジン MEDgle

MEDICAL+Google=MEDgleということだろうか?とはいってもGoogleとは何の関係もないようである。

症状の検索に特化した検索エンジンMEDgle。検索窓に気になる症状(2種類)を入力し、発症期間、性別、年齢、喫煙するか?、肥満であるか?ということを選択して検索すると、可能性のある病名がたくさんヒットする。さらにそれぞれの病名をクリックするとその病気に関連したサイトリンクが表示される。

今のところ英語版とスペイン語版しかなく、日本語での検索ができないのでちょっと使ってみようかという分には敷居が高いのだが、専門家であれば使えることもあるのではないだろうか。

いまのところ、参照できる症状数は少ないものの「Yahoo!ヘルスケア - 家庭の医学」のほうが今のところ一般向け日本語サイトとしては使いやすいと思う。

個人的には、(株)万有製薬の提供している「メルクマニュアル(専門家向け)」を参照することが多い。このメルクマニュアルには一般向けに「メルクマニュアル家庭版」もある。

MEDgleは単なる検索エンジンなのでそこまで期待してはいけないのかもしれないが、ユーザーの病気に対する適切な情報がほしいというニーズを満たすには、データベースの充実、あるいは既存のデータベースをいかにランクの上位に持ってくるのかということが重要であろう。

本家Googleはどう考えているのだろうか?

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MEDgle - search your symptoms
THE MERCK MANUAL MEDICAL LIBRARY

2007-05-17

化学楽器 Chemical Instruments

5/14日の投稿でタンパク質のアミノ酸配列を音楽に変換するBiologyとMusicのコラボレーションを紹介した。

今回は楽器のあり方という視点で、生物学や化学に注目している興味深い事例を紹介する。

現代の楽器というのは通常、叩く、弾く、といった物理現象に基づくものであるのだが、(株)ソニックヘッド プロデューサーの宮下芳明氏は生物学や化学など、物理学とは異なる広い意味での「自然現象」のなかに楽器の発音機構を見いだし、実際に研究、パフォーマンスを行っている。

Dangomusicに関しては、予測不能。
泡音リズムやpHテルミンはテクノ系の楽曲で十分に使えそうである。文字通りChemical Brothersあたり使ってもらいたい。

化学楽器
宮下芳明氏のサイト

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Chemical instumentsSome movies with English captions are available.

2007-05-14

タンパク質の奏でる音楽

Conversion of amino-acid sequence in proteins to classical music: search for auditory patterns

Rie Takahashi and Jeffrey H Miller

Genome Biology 2007, 8:405 doi:10.1186/gb-2007-8-5-405

タンパク質のアミノ酸配列を音楽性を損なうことなく音符へと変換して楽譜を作成したという報告。Genome Biologyの論文であるにも関わらずfigureが楽譜ということで目を引かれた。論文のAddtional Filesに実際に変換された音源がおかれている(研究チームのページにもある)が、確かに不協和音などがあまりなく音楽として成り立っている感がある。自然界が、30億年の生命の歴史が作った音源。是非これをベースに久石譲さんあたりにアレンジをしていただきたいものだ。

Journal site
Pubmed
gene2music

2007-05-13

カラスが賢い理由を科学的に実証

ITmedia newsより

カラスはやっぱり賢い 「脳地図」作成で明らかに

カラスはやはり賢い──カラスの脳を詳細に調べた「脳地図」の作成に慶応義塾大学のグループが世界で初めて成功した。カラスは知性が高いとされてきたが、賢いことが科学的にも実証できたという。


慶応義塾大学の渡辺茂教授と伊澤栄一准教授のグループがカラスの脳切片を作成し、解剖学的にマッピング、解析したところ、思考や学習、感情をつかさどる大脳の特に「巣外套」「高外套」といわれる知的活動に関係する部分が大きく、よく発達しているということを明らかにしたそうだ。

確かにカラスはゴミの日を覚えているような気がするし、カラス除けを設置する人間を冷静な目で観察しているような気もするし、賢いというのは何となく感じてはいたことだが、脳の構造的にもそれが確認されたということだ。

しかし、このような脳の発達は鳥類の中でカラスだけなのか?なぜカラスの脳は発達するに至ったのか?謎は多い。

カラスの「脳地図」(5月14日以降に公開)

2007-05-11

暴君ハバネロ 暴大入試

昨日、理研CDBのFlashゲームを紹介したので、ついでにもうひとつ紹介。

暴君ハバネロ 暴大入試(音が出ます)

最強にして最恐の大学入試。1問目から容赦なし。はっきり言って暴挙であるが、暴君のいうことだから仕方がない。激辛スナック菓子「暴君ハバネロ」のプロモーションの一環として、去年あたりから公開されているようだが、東ハトには相当サディスティックなプロモーターがいるようだ。

東ハトの商品ページの中でも異彩を放っている。また、東ハトのお菓子をブログでプロモーションするという試みも面白い。

2007-05-10

CDBラボパニック

理研CDBがFlashゲームを公開した。
実験系生物学研究者からしてみれば、なるほどそこにゲーム性を見いだしたかというような8つのゲームからなっている。面白い試みだ。理研のようなまじめな機関が公開するゲームはほとんど例がないし、あったとしてもゲーム的にどうなんだろうというようなものになりそうだが、教育効果を抜きにしてもクオリティの高いゲームとなっている。

子供向けオンラインゲームというふれこみだが、難易度はかなりのもの。マウス操作に対する反応がかなりシビアなので、ラボ通いの大人でも苦労するのではないだろうか。単純であるが故にかなり中毒性の高いゲームとなっているので、実験の合間の息抜き程度で止めておくことをオススメする。

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CDB Lab Panic!


The RIKEN CDB is delighted to announce the release of CDB Lab Panic, a new online game for kids featuring fast-paced simulations of experiments and phenomena. The software includes eight mini-game scenarios based on real lab activities like pipette-work and mutant screening, challenging players with three increasingly difficult levels in each module. After selecting a character and customizing his or her appearance, players can test their lab skills all 8 games and save their high scores to the game ranking website for posterity.


プレスリリース
http://www.cdb.riken.jp/jp/04_news/articles/070501_labpanic.html

日本語版
http://www.cdb.riken.jp/webgame-j

English Version
http://www.cdb.riken.jp/webgame-e

2007-05-08

ScribeFireを使ってBloggerに投稿してみる(2) 初期設定

FirefoxアドオンであるScribeFireを使って投稿してみた。

インストールするとステータスバーにアイコンが登場する。これをクリックすると、初期設定では下から投稿フォームがせりあがってくる。まずは自分のブログを登録しなければならない。

・右側の4つタブ[Blogs]、[Categs.]、[History]、[Notes]の中の[Blogs]を選択し下の[Add]ボタンをクリックするとPerFormancing Account Wizardというウインドウが開くので(このアドオンは以前PerFormancingと呼ばれていたため)自分のブログのURLを登録し[続ける]。

・Please select your blog system type from the list below、Bloggerを使っている場合は[Blogger]を選択。(その他に[WordPress][Movable Type][Drupal][Textpattern][Roller][MetaWeblog API]が選択可能)その下に、API URLを記入する欄があるのでBLOGNAME(あるいはmyserver.com)の部分を自分のブログの物に書き換え[続ける]。

・UsernameとPasswordを入力して[続ける]。

・正しく記入されていれば[完了]。

・右側のウインドウにブログが追加される。

複数のブログを追加可能なので、ここを切り替えるだけで複数のブログに投稿可能。

Powered by ScribeFire.

2007-04-30

ScribeFireを使ってBloggerに投稿してみる

FirefoxアドオンであるScribeFireからの投稿テスト。


Powered by ScribeFire.

2007-04-26

地球によく似た惑星を発見

ヨーロッパの天文学者チームが地球によく似た惑星を発見した。大きさは地球の1.5倍、平均気温が0〜40℃で液体の水が存在するのに必要な条件を備えているという。しかも、比較的近い(とはいっても20.5光年離れているが)ということだ。この距離というのはオリジナルのタイトルにもあるとおり、habitable zone(居住可能な領域)ということで、注目されている。

Astronomers have discovered the most Earth-like planet outside our Solar System to date, an exoplanet with a radius only 50% larger than the Earth and capable of having liquid water. Using the ESO 3.6-m telescope, a team of Swiss, French and Portuguese scientists discovered a super-Earth about 5 times the mass of the Earth that orbits a red dwarf, already known to harbour a Neptune-mass planet. The astronomers have also strong evidence for the presence of a third planet with a mass about 8 Earth masses.


Link to the press release
Astronomers Find First Earth-like Planet in Habitable Zone

2007-04-25

バックリンク機能

Bloggerに装備されているバックリンクという機能がよくわかっていなかったので、ちょっと使ってみる。

リンクを貼ればいいだけだということなのだが・・・

ライフサイエンス辞書 WebLSD

2007-04-24

ライフサイエンス辞書 WebLSD

研究の世界では英語が共通語。特に生命科学系の研究をするにあたって、英語がわからないではどうにもならない。英語で情報を収集し、英語で情報を発信するという行為から逃れることはできない。しかしながら、情報収集、論文を読むことはなんとかなっても、情報発信、論文を書くほうは英語を母国語としない日本人にとっては多かれ少なかれ苦労を要する作業である。

私も論文を書くのは、はっきり言ってとても苦労する。専門用語を羅列することは慣れれば難しくないのだが、動詞の使い方や助詞の用法、前置詞の使い方など、ネイティブには当然のこととして体に染み付いていることを正しく違和感がないように使うことがとても難しい。

そんなときにお世話になっているのがWebLSD(ミラーサイトあり)というオンライン辞書である。

単語検索はもちろん便利であるが、特に重宝させてもらっているのが共起検索。この検索は実際に出版されている英語論文の中で使われている文章において、検索した単語の前後のつながりでどのような使われ方がされているかを統計的に示してくれる。

例えば、共起検索で「generated」と検索すると、「generated」という単語を使った文章の一覧が表示される。ここまでならば、Google Scholarでも同じことができるのだが、さらに集計値をみると「generated」という単語の後に来る前置詞として「generated by」60例、「generated in」27例、「generated from」23例という風に数値で示してくれる。もちろん自分の意図する表現に最適な用法はどれであるのかは考えなければならないが、少なくとも「英語論文ではこう書くのが普通だろ」という傾向を示してくれるという点でとても参考になる。もちろん、1単語だけでなくても検索することができる。

私は論文を書くときにブラウザのタブ1つにWebLSDを開いておいて、迷ったときには共起検索をかけてその結果を参考にさせてもらっている。

この辞書は京都大学大学院薬学研究科生体機能解析学分野の金子周司先生を中心とするグループが作成している。ホームページはこちら。ライフサイエンス辞書。オンライン辞書サービスのほかにもいろいろとサービスがある。ATOK対応の拡張辞書、ライフサイエンス辞書Plus 2007 for ATOKもある。またWebLSDにはWindows XP/2000版の Internet Explorer および Windows/Mac OS X版の Firefox用のWebLSDツールバーもある。

今後さらに機能が充実していくことを期待しております。

English site
Life Science Dictionary

2007-04-22

Googleの思考回路図

このブログもGoogleのウェブサービスの一つ、Blogger上に記しているわけだが、Googleという謎の多い超巨大企業がいったい何を考えているのか、何をしようとしているのか、その一端が記されたホワイトボードがGoogle本社内に存在していたらしい。そのホワイトボードを公開しているページを発見した。

Google Master Plan

すでに実現したもの、これから実現されそうなもの、宇宙レベルの壮大な計画、ネタまでGoogleのもつ巨大な脳の働きの一端を垣間見ることができる。これらのことを大真面目に考えて、日々開発を行っているGoogleという会社を素晴らしいと思うか恐ろしいと思うか、意見が分かれる所だろう。

2007-04-19

「なかのひと」を使ってみた。

ユーザー登録して解析htmlタグをクリックすると張り付けコード(2種類)があるので、それを貼ってみる。


Map


地図が表示された。

「なかのひと」のページにはこう書かれている。

 nakanohito.jp は、ドメイン登録情報を利用した「地図表示つきアクセス解析ツール」です。通常のアクセス解析ツールとの違いは、「どんな組織からアクセスがあったか」に特化したサービスという点です。一般の大手プロバイダーからのアクセスは集計せず、企業や政府機関、学校など法人に特化して調査します。


なるほど、もし、どこかの企業や政府機関、学校からアクセスしたならば足跡が残るということか。ne.jpで終わるドメインからのアクセスは反映されないようだ。

高精度地図アクセス解析「なかのひと」

ITmedia Newsに面白そうなアクセス解析ツールが紹介されていた。

その名も「なかのひと」。

WHOISとYahoo!地図情報のAPIを使用して、アクセス元の位置を地図の上にプロットしてくれるというもの。建物単位でアクセス元を特定できるらしい。日本地図のみのようだが、日本語サイトを運営する分にはこれで十分な気がする。むしろGoogle Analyticsについている細かい世界地図よりは、はるかに楽しめるかもしれない。

マーケティングツールとしても、かなりの情報を視覚的に得ることができるので有用であろう。

小さい地図をブログパーツとして貼付けることもできるようだ。

実際使ってみた

2007-04-18

Bloggerにトラックバック機能を追加する

Googleの無料Blogサービス、Bloggerを使い始めたのだが、Bloggerにはコメント機能はあるものの、トラックバック機能がない。本当にないのだろうかといろいろと検索してみると同様のことを思っているBloggerユーザーは多いようで、いろいろと調べてみた。


フリーのコメント、トラックバックサービスを提供しているHaloScanを新Bloggerにインストールする

インストール方法

・まずはサインアップする。

・サインアップして、管理画面が表示されたら「Install」をクリック

・(HaloScan管理画面)Blogger or Blogspot (NEW Version / Google Login)を選択し、Nextをクリック

・(HaloScan管理画面)「1. Click here to login to your Blogger account (link opens in a new window)」をクリックして、ブロガーのマイレポート(ダッシュボード)画面を表示させる。(別ウインドウorタブで開く)(ログインしてない場合はログインする)

・(Blogger管理画面)レイアウト(テンプレート)の「htmlの編集」の一番上にある、テンプレートをすべてダウンロードをクリック。

・(自分のコンピューター)template−XXXXXXXXXXXXXX.xmlというファイルがダウンロードされる。

・(HaloScan管理画面)Upload your Blogger template hereのところに先ほどダウンロードしたtemplate−XXXXXXXXXXXXXX.xmlファイルを表示させ、「Upload Blogger Template」ボタンをクリック。

・(HaloScan管理画面)次のページに進み、「Download New Template」ボタンをクリック、コンピューターに保存する。

・(自分のコンピューター)Upload_this_to_Blogger.xmlというファイルが保存される。

・(Blogger管理画面)レイアウト(テンプレート)の「htmlの編集」にある、 「次のハード ドライブにあるファイルから、テンプレートをアップロードします。」のところにUpload_this_to_Blogger.xmlを選択し、アップロード。これで、HaloScanのスクリプトが入ったテンプレートが適用される。

・ブログを表示させ、Comments | TrackBack というリンクが表示されていたらできあがり!

これでトラックバック機能が使えるようになる。HaloScanの管理画面からコメント、トラックバックウインドウのレイアウトのEDITもできるので、いろいろいじってみてもいいかもしれない。

2007-04-12

Error bars in experimental biology

The Journal of Cell Biology, Vol. 177, No. 1, 7-11 (2007)

Error bars in experimental biology
Geoff Cumming, Fiona Fidler, and David L. Vaux

生物学の実験をする上で避けては通れない統計処理。エラーバーの正しい付け方、正しい記述の仕方を8つのルールを掲げて丁寧に説明してある。そんなことは常識じゃないかという方も多いだろうが、研究室に配属されて実験を始めたばかりの人にとっては是非押さえておきたいところ。とてもわかりやすくて読みやすい書き方がしてあるので、読んでみてはいかがだろうか。

2007-04-08

宇宙版Google Earth、Wikisky

CNET Japanより。

天文学ファン必見!--宇宙版Google EarthのWikiskyとは

実はGoogleともWikiとも関係ないのだが、一瞬目を奪われてしまうタイトルだったのでご紹介。Google Earthはウェブ上の地球儀であるが、このWikiskyはその天球儀版。まだ完全ではないみたいだが、星座の位置がわかったり何気に日本語表示されたり(といっても、星座の名前だけだが。。)、現段階では操作性はリリース初期のGoogle Mapsといった感じ。ただし、Google Mapとは拡大縮小のスケールバーが上下逆なあたりにこのサイトのGoogleと一線を画す自己主張が含まれているのだろうか。今後改良がなされていくことに期待。

WIKISKY is a non-commercial project. The main purpose of WIKISKY is to consolidate astronomical, astrophysical and other information about different space objects and astrophysical facts.

WIKISKY.ORG

2007-04-07

iPapersで文献管理

Macで生命科学系論文の管理するためのフリーウェア iPapers

iPapers

PubMedや雑誌ウェブサイトからダウンロードした論文のPDFファイルがデスクトップにたまって、どうやって管理しようかと思っていたところにこのアプリケーションを見つけたのが、3年くらい前。それ以来、大変に重宝させてもらっている。

オンラインであることが条件だが、このソフトでは、論文の検索、ダウンロード、管理をすべて行うことができる。

iPapers経由でダウンロードした論文は自動的にPubMed ID(PMID)がファイル名となり(XXXXXXXX.pdf)指定したフォルダに保存される。また、すでに持っているファイルやウェブブラウザからダウンロードしたファイルもPMIDをファイル名してiPaper上にドラッグアンドドロップするだけで自動的に情報を取得し、インデックス化される。

インデックス化された論文は雑誌名、著者名、さらに出版年でブラウズすることができ、キーワード検索も可能である。

また、iTunesのプレイリストなどと同様に選択したものだけをFavoriteとしてまとめることができ、それらをVancouver StyleやEndnote textなどにエクスポートすることができるので、論文を書く際にリファレンスをまとめておくのにも便利である。

ほかにもさまざまな機能があるので、ぜひ使用してみてはいかがだろうか。

作者様には感謝してこれからも使わせていただきます。iPapers2の開発にも期待です。

English site
iPapers

2007-04-05

8コア Mac Pro登場

Appleサイト

かねてより噂のあった8コアMac Proが突然発表された。MacOS X Leopardと当時にリリースされるのではないかと個人的には思っていたのだが、LeopardのVistaサポートが遅れているというニュースもあったし、今回の登場となったのだろうか。それにしても、複数コア搭載の倍倍ゲームがこれほどまでに急速に進むとは。Macintoshの最上位モデルとしては、これほどのものでないと面子が保てないということなのだろうか。恐るべし。。。

2007-04-04

タミフルは悪か?

何かと世間を騒がせているタミフルだがどうやら耐性ウイルスが確認されたようだ。

ウイルスにしろ細菌にしろ、点変異や組換変異によって変異を起こし薬剤に対して耐性を示すようになることはある。そういう点で、ある意味いたちごっこの側面があり、耐性を獲得したウイルスなり細菌なりが抗ウイルス薬や抗生物質の存在下では選択的に生存できるために、集団感染等につながりやすい。

タミフルといえば、異常行動との関連性があるのかどうかについて興味深い。現在のタミフルと異常行動との関連性の調査がどのように行われているのか詳しくは知らないが、おそらくインフルエンザ患者のうちタミフル服用者と非服用者とで、異常行動が現れた患者の割合を統計的に調査しているのだと思うが、これを分子生物学的に解明しようと思ったらどうしたらいいのだろうか。

昔からインフルエンザ脳症等のウイルス性脳症がみられることはわかっているが、どうやらウイルスによる脳血管障害説など諸説あるようだが原因はいまいちよくわかっていないようだ。ウイルス性脳症とニュースを騒がせている異常行動との関連性もよくわからない。

ここからは妄想にすぎないが、仮にタミフルが異常行動を引き起こすとすると、タミフルが結果的に中枢神経系に作用しうる何かをミミックするということなのだろうか?

解明されるのを待ちたい。

2007-04-03

EMI、DRMを捨てる

CNET JAPANより。

EMI Group、iTunes StoreでDRMフリーの楽曲を販売へ


EMIの楽曲のiTunes StoreでDRMなしでの販売が5月中に開始されるようだ。

というか、本当の主役はAppleとS.ジョブスなわけで、
ジョブスのDRM廃止論を唱えた書簡、AppleとEMIの提携と、
今回の発表の時間的な因果関係がどのようなものであったのかが気になる。

他の大手レコード会社が追随する動きを見せるのかどうか、注目である。

と同時に、ビートルズの楽曲がiTunes Storeに登場することも期待したい。

2007-04-02

HTMLを学ぶ

初めて自分のWebサイトを作ったのは、大学2年生の頃だったと思う。

html辞典を片手にメモ帳に向かって一つ一ついろいろとタグを打ち込んでみては保存して、ブラウザで開いて見てみるということを、ずっと繰り返していた。当時はまだ、現在にようなボタンをクリックしていけばそれで自分のページが持てるというようなことはなかったので、手探りを繰り返し、いろいろなWebサイトのソースを参考にしながら、徐々に学んでいった。

ローカルで一通りできるようになった後、それをリモートにアップロードしてみた。日記のようなものを書いていたと思うが、Web日記ツールのようなものはなく、CSSを使ったサイトもそんなに無かった時代、tableタグを使ってそれなりに体裁を整えて、手動でリンクを張ってそれらしく見せていた。いわゆる一部のテキストサイトが記録的アクセス数を誇っていた頃である。

今になって、このプロセスを踏んでおいて本当に良かった、とBloggerのカスタマイズ性を目の当たりにして思う。

Appleと私

私が初めてMacを使ったのは、大学の研究室だった。
中学生の頃、初めて買ってもらったwindows95搭載のNEC PC9821以来、
ずっとwindows PCを使っていた私にとって、
筐体の美しさ、OSXのUIデザインの美しさは衝撃だった。
そしてなにより使いやすかった。
それまで、Macは世間一般に思われていたような、
ミュージシャンやデザイナーが使う専門機であるという印象で、
当時は敷居の高い(実際当時はwindowsマシンよりも価格が高い)ものだった。

約3年前にiBookG4 (800MHz MacOSX ver.10.3)を買った。
それ以来自宅にあったwindowsはほとんど使わなくなり、
Macユーザーになった。

以降、必然的にApple、Macの歴史も知っていくことになるのだが、
それに伴って、私自身が一体何に惹かれていたのかということが、
わかるようになってきた。

秀逸なデザインはもちろんであるが、
Appleエンジニアたちのクラフトマンシップ、
何か革命的なことをやってやろうという心意気が
どうやら私を惹きつけたようだ。

別に私はAppleやJobsの信者ではないのだが、
私にとっては、Macのほうがあっているような気がする。
ただ、どうしてもWindowsを使わなくてはならない場面が
あることは現段階では避けられない。
これはどうしようもないことではあるが、
最近のラーメンズが出ているAppleのTVCMが端的に両者の役割を示していると思う。

2007-04-01

PC環境

2007年4月現在のPC環境を記しておこう。

自宅
iMacG5 (PowerPC)
iBookG4
Gateway PentiumIII (ほぼ休眠状態)

職場
MacBook (Intel)


初めてMacintoshを使い始めたのはiBookで、
約4年前だっただろうか。
気がつけば、ほぼ完全にMac使いになってしまっている。。。

2007-03-31

久しぶりに

久しぶりにブログを再開しようかと思う。
とは言っても、以前はブログなる言葉がまだ市民権を得てない頃だった。
この3,4年で状況はすっかり変わってしまい、
機能性、利便性は格段によくなっている。

というわけで、今日はテスト投稿。
とりあえずいろいろといじってみるつもり。